면역이란, 자신의 체조직에 다른 이물(nonself)이 체내에 침입한 경우 그것에 대한 항체가 생성하는 방어기구로 자신의 체조직에 대해서 항체가 생성한 다는 것은 생각할 수 없었다. 이 항체를 생성하는 기능이 이상해서, 자기의 체조직 자신에 대한 항체를 생산하거나, 체조직의 일부가 병적인 이물로 되어, 항생성을 가질 경우에, 자기자신의 체조직에 대한 항체가 생성된다. 이것을 자기면역이라 하고 거기서 일어나는 항원항체 반응이 여러가지 질환을 일으킨다. 대표적인 것은, 자기의 적혈구에 대한 항체가 생성되기 때문에 적혈구가 파괴되는 용혈성빈혈 자기의 갑상샘에 대한 항체가 생성해서 갑상샘염이 일어나는 만성갑상샘염(하시모토병)이 있는데, 기타 전신성 홍반성 낭창, 만성관절류머티즘 등이 자기면역 때문에 일어나며, 이런 기전으로 일어나는 질환을 자기면역질환이라 한다.
